Madagascar est caractérisé, pour les raisons évoquées précédemment, par son macro- et micro-endémisme.

Macro-endémisme tout d’abord, puisque le taux d’endémisme moyen est de 75% et atteint 90% et plus, non seulement chez les vertébrés comme les mammifères, oiseaux, reptiles, amphibiens, pour les plantes à fleurs mais aussi parmi les invertébrés avec pour exemple marquant un taux d’endémisme de 97% chez les mollusques continentaux. En outre, les espèces au sein de ces différents groupes présentent des aires de répartition limitées et distribuées à travers les différents écosystèmes de Madagascar depuis les savanes, les zones humides, les forêts d’épineux, les forêts caduques et les forêts tropicales. Ce micro-endémisme est remarquable notamment pour les lémuriens avec ~70 espèces et sous-espèces majoritairement micro-endémiques parmi lesquelles 21 espèces ont été décrites sur la dernière décennie et une douzaine en attente de description.

Ce taux d’accroissement des connaissances indique que l’inventaire actuel de la biodiversité malgache ne reflète qu’une fraction de la réalité biologique.

En effet, depuis le début des années 90, 111 espèces d’amphibiens, sur les 244 actuellement connues de Madagascar, ont été découvertes et décrites. Ce taux de découvertes est trois fois supérieur à celui enregistré au niveau mondial pour ce groupe. En outre, une étude récente a montré que la richesse spécifique en amphibiens malgaches atteindrait 465 espèces, presque le double de ce qui est actuellement connu. Si l’on considère que les vertébrés ne représentent que 2,7% de la biodiversité de la faune planétaire, il est raisonnable de penser qu’il existe un réservoir important de découvertes parmi les invertébrés.

Les découvertes sont à attendre principalement parmi les insectes, arachnides, mollusques et nématodes et dans les écosystèmes peu étudiés car difficilement accessibles pour diverses raisons : économique, politique, pénibilité ou dangerosité des milieux, etc.